Malheureusement, il n'y a pas de documentation digne de ce nom pour savoir comment utiliser l'outil Replace.
Or j'en ai eu besoin récemment, pour transformer une liste de mots séparés par des virgules, et remplacer ces virgules par des sauts de lignes.
Voila la manip' :

Allez dans Edit > Replace :

Le point important est de cocher Transform backlashes , ce qui demande à Notepad2 d'interpréter le \n comme le caractère ASCII "nouvelle ligne" (et non pas 2 caractères)
Et voila le résultat.

En bonus, un lien sur les Regex Unix (voir la partie Regex Perl, acceptés par Notepad2 donc).